一、原轉會僅為內部單位，而促轉會則為獨立行政機關
總統府原住民族歷史正義與轉型正義委員會（以下簡稱「原轉會」），僅為任務編組（參照總統府發布之新聞稿說明第二段最後一句）之內部單位，且其人員僅是派兼（本要點第10條）。於任務已執行完畢或預定之期限屆滿時，即予以裁撤；倘若下任總統認為無必要繼續存在，亦可逕予裁撤。
相較於提出於立法院之民進黨版「促進轉型正義條例草案」（以下簡稱促轉條例草案）第二條中所設立之「促進轉型正義委員會」（以下簡稱促轉會），雖亦屬任務編組，但其性質為「獨立行政機關」；依照中央行政機關組織基準法第三條第二款之規定，所謂獨立機關，係指「依據法律獨立行使職權，自主運作，除法律另有規定外，不受其他機關指揮監督之合議制機關」，其人事獨立（促轉條例草案§10）、預算及運作均專業而獨立，不受行政科層體制之不當干涉。
二、原轉會設立之法源依據僅為行政規則
原轉會之法源依據為「總統府原住民族歷史正義與轉型正義委員會設置要點」，『要點』之性質為無法律授權，而由行政機關發布之機關內部的「行政規則」，原則上僅具有內部效力，亦即，原轉會不得依據本要點之規定行使職權干涉人民基本權利。
相較之下，促轉會設立之法源依據為促轉條例，「條例」為「法律位階」，不但設有「組織法」之規範（如促轉條例草案§8、§9、§10），更有「行為法」之規定；因此促轉會得依據促轉條例行使職權干涉人民權利。
三、原轉會無調查權，各主題小組之任務又與學術研究機構之工作重疊
依據本要點之規定，原轉會並無調查權，而僅能「洽請政府相關機關提供必要之文書、檔案或指派所屬人員到會說明」（本要點第9點）。
相較之下，促轉會不但擁有調查權（促轉條例草案§14、§15、§16、§17），更具有「暫時性之干預措施」（促轉條例草案§18）實施之權限！
此外，各「主題小組」（土地、文化、語言、歷史、和解）之任務內容，率皆與學術研究機構所進行之研究內容重疊性甚高，且又僅有「彙整與公布」之職權，其存在之必要性如何，令人存疑。
四、原轉會之機關等代表比例過高、任命程序繁簡失衡；應讓意見由下而上形成、從基層部落出發為宜
依據本要點第3點之規定，倘以委員31人計算，則其分配比例如下：
1. 原住民族：16席，約佔51.6%
2. 平埔族群：3席，約佔9.6%
3. 相關機關代表、專家學者及具原住民身分之公民團體代表：9席，約佔29%
4. 召集人、副召集人：3席，約佔9.6%
目前法定原住民族人口數約55萬人，本要點中僅有一族一席之16個席次；而「相關機關代表、專家學者、公民團體代表」（以下簡稱相關機關代表等）相較之下卻可佔9席，相對而言，似乎原住民族各族代表之所佔比例有所不足。
且原住民族之代表、平埔族群之代表之產生程序相當嚴謹（本要點第3點第2項及第3項），但相關機關代表等則僅需由召集人徵詢相關意見後，即可被邀請擔任，其任命之程序繁簡失衡。
至於相關機關代表等，似應比照促轉條例第9條第2項之規定，由各該主題小組（本要點第4點）或由召集人（本要點第7點）以「顧問」之資格聘請即可；況，原轉會開會時本即得視議題需要，邀請有關機關（構）代表、學者專家或原住民機構、團體代表列席（本要點第5點第2項），更凸顯並無必要另外又使其佔原轉會「委員」之名額高達29%之比例！
機關代表、專家學者等人，已經佔原轉會委員將近三分之一之比例，加上召集人又可再聘專家學者為顧問、且又可另邀其開會時列席；可以預見的是，屆時滿場盡是機關代表、專家學者、團體代表！似過於倚重相關機關代表、專家學者、公民團體代表之角色！
事實上，原轉會之組成應以原住民族及平埔族群為主較為適當，讓意見由下而上形成、從基層部落出發為宜。
五、實效性
原轉會所作成之行政、立法或其他措施之規劃建議，僅能以「行政院原住民族基本法推動會」作為後續工作推動之議事與協調單位（本要點第8點）；反觀促轉會之對象則為行政院院長，有制定或修正法律及命令之必要者，並同時提出相關草案（促轉條例草案§11）；是故，原轉會會議召開後，其研議之結論，是否具有實效性，仍待觀察。
目前亟待立法之部分有：
一、原住民族土地及海域法
二、部落公法人組織通則（目前的規範尚不足以讓「部落公法人」施行）
三、原住民族語言發展法
四、原住民族自治法
至於可以法規命令或行政規則處理者，則有：
一、原住民族傳統領域（已有原基法作為母法）
二、原住民族法律服務中心（與各地法扶之權責有待進一步區分）
