本部落已於（一）之部分提出原轉會要點之簡要評釋，（二）之部分將繼續把焦點集中於原轉會應如何設置為當，進行法律上之討論：
原轉會以具有準司法權之獨立行政機關為宜
原住民族相關事務之處理，不僅涉及行政一端，為釐清真相，其權限之行使亦多需涉及司法相關權限。因此「原轉會」若能具備「準司法權」，使之成為獨立行政機關（與促轉會之性質相同），將更能真正調查真相而能實質解決轉型正義之問題。
論者有謂，中央行政機關組織基準法第 32 條第2項已規定，「前項獨立機關總數以三個為限」，目前獨立機關總數已滿，無法再新設。但，依據同法第 2 條之規定，其適用之範圍乃限於「行政院及其所屬各級機關」，目前原轉會係設置於總統府而非行政院下，故原轉會並 #不受該法之限制。
此外，原轉會之職權應以具有調查權為宜。儘管論者有謂，「幾乎所有關乎原住民權利的資料都掌握在政府手中，不需要透過調查權」，倘若如此，其實這類資料，一般人民依據政府資訊公開法之相關規定，即可取得這些政府之資料，當然不需要調查權。
但問題顯然不在於這些已經明顯知道是政府手中所掌握之文書資料，而是在於涉及日治時期以及威權統治時期，原住民族權利受侵害之證據資料調查，除了文書之外，尚涉及可能需要要求相關之人民或政府人員陳述證言或表示意見。若原轉會不具調查權，又如何對這些人員進行要求，並對違反協助調查義務者施以合理之強制手段？
原轉會設立之法源依據宜為法律位階且內容應有作用法之規範
目前設立原轉會之法源依據為「總統府原住民族歷史正義與轉型正義委員會設置要點」，『要點』之性質為無法律授權之「行政規則」，原轉會不得依據本要點之規定，行使職權干涉人民基本權利已如前述。（關於法位階之相關基礎說明，請參閱本部落先前之文章 「部落公法人要立專法，不能只是發布辦法」 ）。
原住民族轉型正義相關事務之具體實踐，其法律關係往往不僅存在於行政權與原住民二端而已，例如關於原住民族土地之爭議，不僅與政府有關，更涉及其他原住民或漢人。涉及與其他人民基本權利有關之事項，例如財產權，政府如果要處理，就涉及了「法律保留原則」。
依據憲法第 23 條以及中央法規標準法第5條「法律保留原則」的要求，公權力主體要做的事情，如果會影響人民的基本權利或義務的重要部分，就需要 #有法律的依據，才可以做。目前原轉會的法源依據僅是行政規則，並不是法律；因此無法實質處理任何涉及人民基本權利之原住民族轉型正義事務。因此，原轉會設立之法源依據，宜為法律位階，才有可能實質處理；亦即法源應由立法院三讀通過、總統公布，而不宜僅以要點為之。
除了原轉會之法源應以法律定之，其法律內容除組織如何構成之 #組織法規範 外，由於還涉及轉型正義之回復事項，可能涉及人民基本權利，因此法律內容更應有 #作用法之相關規範。否則，原轉會本身無法進行任何原住民族權利回復且又涉及限制人民基本權利之事項。
原民轉型正義事務宜由原轉會直接進行
依據目前之設計，原住民族轉型正義事務之處理，係採『雙階理論』，亦即，先由總統府下設之原轉會處理前階事務，再由「行政院原住民族基本法推動會」（以下簡稱『原推會』）去進行後續工作推動之議事與協調。
姑且不論總統府至行政院之間的銜接與溝通協調效率問題，僅觀察「原轉會」對於「原推會」並無任何指揮監督之權限這一點，未來原轉會與原推會之間如何搭配才能有效運作，將值得觀察。
正本清源之道，乃在於不要採「雙階理論」，而直接將原轉會與原推會合而為一，將原推會納入原轉會之下；將行政院長及政務委員、相關部會首長，均納為原轉會委員，以實際負責執行工作，將可減少溝通連繫上之成本。
原轉會之任務與職權宜重新定位與思考
依據總統公布之要點，原轉會內設各主題小組之任務，率皆與各研究機構已經在進行之內容重疊，其中更有許多工作內涵早已由學術界進行；此時又將這些學術研究屬性之工作項目，歸屬為原轉會之『任務』，似乎可能對於原轉會之定位，造成混淆之效果。
蓋原轉會之定位，應為關於原住民族轉型正義之最高機關，亦即肩負政策擬定、指導與執行之職責，而不應在於組成之後，卻反而耗費眾多心力卻僅進行類似基礎學術研究之工作。原轉會之任務不應在此。
結論是：
原轉會的定位要重新釐清
原民轉型正義事務不要採雙階理論
原轉會之法源應為法律位階且內容有作用法之授權規範
原轉會應為設置於總統府下具有準司法權之獨立行政機關
